塔里木河流域包括昆仑山、喀喇昆仑山、天山南坡，覆盖整个塔里木盆地，面积达102万平方公里。该区域具有自然资源相对丰富与生态环境极端脆弱的双重性特点，资源开发过程中生态与经济的矛盾十分突出，是我国的荒漠大区，也是国家脱贫攻坚的重点区域，更是新时期兵团向南发展、实现社会稳定和长治久安总目标的关键区域。

本次科考的基本任务是：深度开展塔里木河流域自然环境本底与自然资源基础调查，从山地-绿洲-荒漠耦合关系系统解析流域开发与自然之间矛盾的独特性与复杂性，探索以水安全为核心的大型内陆河流域可持续发展的科学模式与途径，为南疆地区的高质量发展提供基础数据和科技支撑。任务包括对片区的各成果进行集成，提出水土开发、生物多样性保护和生物安全、兵团向南发展等方面的对策建议。